海洋科考船发展的第二时期为20世纪80年代末~至今,随着船舶电力推进系统和动力定位系统的逐步推广、各种专业科考设备的更新换代、科考作业和实验室专业化模块化设计、操控支撑系统自动化、计算机网络化等技术的发展,船舶设计尤其是海洋综合科考船获得了新的设计理念,加之前一批建造的船型有些已经到了更新换代的时间,国内外出现了一批新建的先进海洋科考船。这个时期有代表意义的调查船有:1984年美国改装建成的18000吨级的大洋钻探船“决心”号(JOIDES)、1997年美国建成的3600吨级“阿特兰蒂斯II”号(Atlantis III)作为阿尔文Alvin深潜器的母船、2005年法国建成的6600吨级综合调查船“为何不”号(POURQUOI PAS?)、2006年德国建成的6300吨级的冰区综合调查船“玛丽亚.西碧拉.梅里安”号(Maria S. Merian)、2007年西班牙建成的3000吨级的综合科考船“Sarmiento de Gamboa”号、2007年英国建成的5800吨级的综合科考船“詹姆士.库克”号(JAMES COOK)、2007年日本建成的57000吨级的大洋钻探船“地球”号(CHIKYU)、2012年俄罗斯建成的“特列什尼科夫院士”号极地科考破冰船、2013年英国建成的6000吨级新“发现”号、2014年美国建成的3200吨级综合调查船阿姆斯壮级(AGOR27、AGOR28)、2014年澳大利亚建成的6000吨级综合调查船“调查者”号(INVESTIGATOR)、2015年德国建成的8000吨级的新“太阳”号(SONNE)。